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基因測(cè)序結(jié)果怎么看

2023.3.15

問(wèn)題一：測(cè)序結(jié)果怎么分析測(cè)序結(jié)果的分析
測(cè)序都是從5端進(jìn)行的，正向和反向測(cè)序是指對(duì)DNA的兩條互補(bǔ)鏈分別測(cè)序，通常兩個(gè)方向測(cè)序結(jié)果經(jīng)校讀后完全一致才能認(rèn)為得到可靠結(jié)果。生工測(cè)序結(jié)果一般都提供兩個(gè)文檔，一個(gè)是TEXT的序列文檔，一個(gè)是用Chromas軟件打開(kāi)的ABI文檔。

1.尋找引物

blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 比對(duì)，去除引物序列，找到目的片段。
在DNAMan上進(jìn)行比對(duì)，看引物能不能比對(duì)上（一個(gè)不變，一個(gè)反向互補(bǔ)），如果比不上，那可能就不是你要的序列，如果能比上，上游以引物第一個(gè)為分界線，去除前面的；下有一最后一個(gè)為分界線，去除后面的，剩下的就是目的序列。然后在NCBI上Blast.就OK了。

批注：PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序的結(jié)果可能不包含引物序列

2.將找到的對(duì)應(yīng)目的片段轉(zhuǎn)成*.txt格式

3.下載BioEdit軟件

第一：打開(kāi)Bioedit軟件，導(dǎo)入拼接好的樣品序列與標(biāo)準(zhǔn)亞型參考序列
File New Alignment Sequence New Sequence 導(dǎo)入拼接好的樣品序列和標(biāo)準(zhǔn)參考序列（從TEXT文檔利用復(fù)制粘貼工具） Apply and close 保存結(jié)果關(guān)閉窗口

第二：點(diǎn)擊菜單欄上按鈕 Accessory Application ，選擇 Clustalw Multiple Alignment

File Open Accessory Application Clustalw Multiple Alignment

第三：比對(duì)結(jié)束后，刪除比對(duì)序列兩端的多余序列，使所有序列等長(zhǎng)

選擇需要編輯的序列 Sequence Edit Sequence 進(jìn)行序列的編輯保存修改后結(jié)果

第四：選擇 Sequence 菜單下的 Gaps ，點(diǎn)擊 Lock Gaps

第五：將比對(duì)后的序列保存為Fasta 格式文檔

4.下載MAGE4.0軟件

1) 打開(kāi)MEGA軟件，選擇 File 菜單欄中的 Convert To MEGA Format ，把序列文件的格式轉(zhuǎn)換為meg文檔保存；
2) 雙擊序列的meg文檔，選擇 Nucleotide Sequences ，點(diǎn)擊 OK ；
3) 程序運(yùn)行中詢問(wèn)是否為蛋白編碼序列，選擇 NO ；
4) 在MEGA操作界面選擇 Phylogeny 菜單欄下 Bootstrap Test of Phylogeny 中的 Neibour-Joining ；
5) 選擇 Test of Phylogeny 欄中的 Bootsrap ， Replications 設(shè)定為1 000；在 Options Summary 欄中的 Model 項(xiàng)中，設(shè)定參數(shù)為 Kimura 2-Paramete r，最后選擇 pute ；
6) 將分析結(jié)果采用Los Alamos HIV序列庫(kù)提供的HIV-BLAST和Subtyping工具進(jìn)行驗(yàn)證。...>>

問(wèn)題二：dna測(cè)序結(jié)果分析怎么看進(jìn)化圖如果是用Sanger測(cè)序的話，電泳得到的條帶是模板連的互補(bǔ)鏈，電泳的方向是有3‘段到5’段的，那么從下往上讀，就可以的出互補(bǔ)鏈，根據(jù)反向平行，就可以推倒出模板連的堿基序列。

問(wèn)題三：怎樣分析基因測(cè)序結(jié)果 1.假設(shè)你測(cè)的是一個(gè)基因的序列,如果已知這個(gè)基因的序列,則將你測(cè)序得到的基因序列與已知的序列相比對(duì),分析看兩者在哪個(gè)地方不對(duì)應(yīng),不對(duì)應(yīng)的地方即為突變的地方.比對(duì)的軟件有sequencher,或者去NCBI網(wǎng)站點(diǎn)擊BLAST進(jìn)行.
2.如果你測(cè)的是一個(gè)以前未知的序列,那么要測(cè)幾個(gè)不同的單克隆,將測(cè)得的結(jié)果進(jìn)行比對(duì),分析一致的地方以及不一致的地方.

問(wèn)題四：細(xì)菌基因組重測(cè)序結(jié)果分析報(bào)告怎么看測(cè)序只是最基礎(chǔ)的，接下來(lái)你要做功能基因分析，查找確定哪一些是編碼基因的序列，然后做表達(dá)檢測(cè)。。如果你事先知道自己的目的基因序列，測(cè)序結(jié)束后，應(yīng)該可以直接找到。

問(wèn)題五：高通量基因測(cè)序檢驗(yàn)報(bào)告單怎么看哪個(gè)公司出的，可撥打他們的客服電話。從業(yè)人員素質(zhì)普遍較高，可以很詳細(xì)解答您的疑問(wèn)。

問(wèn)題六：如何看測(cè)序的結(jié)果與預(yù)期相差很大先注意染色體與基因的關(guān)系，一條染色體有多個(gè)基因。
所以基因結(jié)構(gòu)變異（堿基對(duì)增、減、變）導(dǎo)致一個(gè)基因變。染色體結(jié)構(gòu)變異，導(dǎo)致多個(gè)基因的重復(fù)，缺失，排列順序的改變等。所以基因突變是某一性狀改變，而染色體變異是某一系列性狀的改變。