發(fā)件人: Transmissome

　　日期: Sunday, January 24, 2021 at 6:17 PM

　　至: "Ling, Kun, Ph.D."

　　抄送: ——-////—-

　　主題: Re: 補充：給饒毅教授的回復(fù)

　　樹欲靜而風不止：答裴鋼學生凌堃等—不要幫倒忙

　　凌博士，

　　 2021年1月24日（周日）上午到中午有兩個會議，遲復(fù)為歉。

　　 因為我比您珍惜的那些專家時間少，所以，這封回復(fù)，只寫了一遍，沒有時間修改，原諒各種筆誤。

　　 首先指出，認真讀過您所開列12篇文章“提供給專家組的含有第三方實驗室重復(fù)GPCR截短體仍具有功能實驗結(jié)果的文獻”后，正常的看法應(yīng)該是：凌堃-裴鋼于1999年“發(fā)現(xiàn)”的所謂五重跨膜可以與正常全長七重跨膜的GPCR受體一樣傳遞信號的結(jié)果，二十二年來從未被嚴格的重復(fù)實驗所驗證過。（您列舉的文章中有否定您結(jié)果的，分析見附件3。裴鋼找張曙光出了高級黑的問題，您應(yīng)該不是高級黑自己，而是幫我？）。

　　 拜讀來信，覺得您爭論的對象應(yīng)該首當其沖的是MIT的張曙光：如果GPCR截短體有傳遞信號的功能是定論，張曙光還能接受他的朋友彈冠相慶、說他2020年12月發(fā)表了巨大突破嗎？

　　 您堅持要找我，我也沒有辦法。雖然以前我集中交流對象是您的老師、三十年前的美國博士、當時已經(jīng)是老師，而您那時是學生，如果出事，您確實有責任，但洋博士回國的導師責任很大。您畢業(yè)后在美國多年迄今只是副教授，您有沒有考慮到裴鋼對您的研究生培養(yǎng)可能有長期的副作用？您文獻閱讀能力似乎也有問題，這樣說，是為了避免說您讀懂了文獻之后表達不誠實（從兩種可能的批評中，相權(quán)取其輕）。

　　 我并非所有交流都公開，有時是為了顧及對方，例如某些機構(gòu)下滑的問題（2019年，我與科學院生化細胞所的所謂調(diào)查委員會的交流，迄今未公開，在您來信的逼迫下現(xiàn)公布于附件1）。

　　 這次，我還沒回復(fù)您之前，您就已經(jīng)在多個渠道，包括“知乎”公開了。我不得已也公開回復(fù)。（張曙光老師也是如您一樣，自行先公開，我才被迫也公開回復(fù)）。

　　 糾正您所謂“科技部、中國科學院、中科院上海生化細胞所先后組織了獨立的專家組和工作組對此進行了嚴肅的審查”。

　　事實上，就我直接所經(jīng)歷的，是上海生化細胞所組織了不獨立于裴鋼的、草率從事的、不負責任的、捍衛(wèi)性質(zhì)的調(diào)查（見附件1）。

　　2019年11月28日（周四）傍晚，我涉及批評裴鋼的信件草稿給了腦計劃當時的專家組，因為那時還有裴鋼。11月29號（周五）有微信爆料這份草稿。在北京和上海的W、L、C、Z等教授、研究員于29日收到通知，稱應(yīng)裴鋼要求，生化細胞所邀請他們參加“裴鋼研究組1999年P(guān)NAS論文調(diào)查委員會”。11月30日，生化細胞所的Z短信聯(lián)系我，12月1日電子郵件建立聯(lián)系。Z不是院士，我猜想他不可能不怕裴鋼，實驗回復(fù)有點慢。12月1日上午8點16分我第一次回復(fù)Z。但是，12月1日當天，生化細胞所的所謂調(diào)查報告就出來了。您應(yīng)該幫我問問是否委員會還沒開始工作就有調(diào)查報告的文字，委員會成員只是走過場簽字（可能沒有必要請更高的調(diào)查組調(diào)查上海生化細胞所是否有違程序正當性，恐怕不少單位都是這樣的）。其中有委員到今天也不同意當時的內(nèi)容。我上午剛剛試探性地開始有一點點回話下午就有調(diào)查結(jié)論不出12小時，從周五收到參與調(diào)查的通知到星期天得出調(diào)查結(jié)論不出48小時，上海生化細胞的速度都接近空前絕后了。您在美國，問問您現(xiàn)在的正常機構(gòu)，這種調(diào)查能否稱為“嚴肅”？

　　當然，此次事件，我們應(yīng)該捍衛(wèi)生化細胞所，因為最不負責任的是上海藥物所。藥物所從開始到現(xiàn)在，沒有任何負責人要我去上海進行咨詢、調(diào)查，其現(xiàn)任所領(lǐng)導第二天就對媒體宣稱耿美玉沒有問題。耿美玉所謂治療老年癡呆癥的GV971被很多人認為是假藥。如果有負責任的調(diào)查，到上海藥物所內(nèi)部和中國藥監(jiān)局內(nèi)部做匿名投票，會發(fā)現(xiàn)很多人不相信GV971。如果找到參與的醫(yī)生和病人，就有可能知道：如果造假是怎么造假的。GV971銷量很大、盈利很高。如果沒有嚴格的調(diào)查，就不能排除GV971成為中國二十一世紀最大造假案的可能性。

　　讓大家知道您和裴鋼的問題，與耿美玉和綠谷藥廠問題完全不在同一個層次。要不然，大家眾目睽睽之下，真把您和裴鋼當成最大的問題。您和裴鋼不是現(xiàn)如今最大問題，而是相當容易糾正的問題，給《美國科學院院刊》致信，說不能重復(fù)，需要撤稿，就完了。給現(xiàn)在的青年研究員、學生，做一個榜樣。

　　而耿美玉和綠谷藥廠，做任何補救都不可能是榜樣。如果有機構(gòu)、有吃國家皇糧的人對國家負責，不欺上瞞下，就很有可能發(fā)現(xiàn)造假的證據(jù)，而不應(yīng)該是上海藥物所那樣第二天就宣布結(jié)論。

　　這次調(diào)查過程中，如果有您所說的中國科學院負責調(diào)查的專家組，也完全沒有詢問我?？萍疾康男姓c我有交流，但專家組沒有。我認為在這次的過程中，做的最好的是教育部、其次是科技部?？萍疾扛袅藥讓?，不容易參與調(diào)查。中國科學院生化細胞所做的第二差，藥物所做的最差。

　　另外，您說調(diào)查“已經(jīng)占用了這些科學家大量的時間和精力”。如果確實占用了，那是你們這些當事人造成的結(jié)果。而且，不一定用了他們很多時間，從您提供的12篇文章來看，他們有可能幾乎都沒有讀原文，如果每一位專家都讀過摘要，也會對您和裴鋼的結(jié)果存疑。因為您提供的有些文章的摘要就已經(jīng)不支持您的結(jié)果。

　　 現(xiàn)在回答您的問題：

　　1） 我實驗室確實重復(fù)過您的實驗，這一事實裴鋼肯定知道。他現(xiàn)在一定要說不記得，我也沒有辦法，又不能建議他去服用971，建議了估計他也不會中計，而且猜想他太太、藥理學的院士馬蘭也不會支持他服用971。但其實我估計，他當時也告訴了您。要不然，您和后來幾位，為什么不發(fā)表第二篇報道三重、一次跨膜的文章？您也回答試試。我批評張曙光的信已經(jīng)說了，這一問題應(yīng)該您和裴鋼回答，你們怎么繞開了？

　　我實驗室那時在美國St Louis，此后我實驗室換了國家和城市，在北京就換了幾次地方。而裴鋼實驗室就一直在上海。先應(yīng)該要求您當時所在的裴鋼實驗室拿出實驗筆記，或您自己拿出實驗筆記。您和裴鋼實驗室有責任保留自己研究的筆記。我實驗室從旁幫助您和裴鋼，完全沒有人會要求我們需要多年保持有關(guān)您的研究的筆記。

　　我們都應(yīng)該接受第三方重復(fù)的結(jié)果，而您和裴鋼沒有理由反對第三方重復(fù)。例如可以您寄給大家實驗材料，大家可以做。我實驗室愿意在任何部委監(jiān)督組監(jiān)督下，做鈣離子是否升高的實驗。

　　您實驗室也可以做。裴鋼也可以。您和裴鋼有這么大的突破都不肖于重復(fù)，讓科學界的正常人大多數(shù)都覺得很奇怪。如果可以重復(fù)，為什么害怕重復(fù)？

　　2） 現(xiàn)在也有實驗室做了，重復(fù)不出您的結(jié)果。但他們懾于裴鋼，不敢公開。您這種叫板，是欺負他們。

　　既然您在美國，應(yīng)該換一個模式，您叫板美國的GPCR專家，質(zhì)問他們?yōu)槭裁床恍薷慕炭茣?，為什么不接受您和裴?2年前的突破？

　　或者，我們?nèi)耍?、裴鋼、我）與美國GPCR的諾獎得主等權(quán)威組一個微信群，明確討論：今天他們是否接受您和裴鋼二十二年前的結(jié)果？

　　您如果要再加上張曙光，也可以，讓大家看看張曙光的結(jié)果是否被權(quán)威專家接受，還是會被評論為lousy、not rigorous？

　　您和裴鋼既然要那些怕裴鋼的實驗室出來，何必不允許由科學院道德委員會指定的實驗室來做？您如果不讓道德委員會找第三方，而公開叫板誰私下做過要公開姓名的做法，我們不應(yīng)該用成語進行形容吧？

　　3） 有關(guān)所謂科技部、科學院、生化細胞所不止一次聯(lián)系我，上面已經(jīng)說明了，而且在附件1還將email出示。生化細胞所這種不負責任的做法，讓我對捂蓋子的機構(gòu)非常警惕。而中國科學院的所謂工作組，從頭到尾沒與我聯(lián)系。實際上，科學院的工作組，應(yīng)該因為您/裴鋼和耿美玉兩個事件聯(lián)系我，但它沒有。您不妨先找他們說理。

　　4） 與您工作過的中國機構(gòu)、和在中國扮演科學家的有些人不一樣，我從來分開公事和私事。《知識分子》現(xiàn)屬于非盈利的公益組織“智識學研社”，不是我個人的。我不會公器私用。近年發(fā)生幾次其他人與我的矛盾，我從來不從《知識分子》或《賽先生》發(fā)反擊文字。我只用“饒議科學”。雖然您已經(jīng)用了知乎，我下面仍然按您邀請轉(zhuǎn)載您的來信原文（附件2）。

　　現(xiàn)在我問您一個問題：您相信張曙光2020年12月iScience文章的圖5嗎？

　　這是他實驗室唯一研究縮短的受體能否介導鈣濃度增加的實驗結(jié)果。如果您相信，那么它顯示CXCR4縮短后毫無介導鈣濃度升高的作用。否定了您的結(jié)果。

　　如果您不相信，還能用張曙光作為支持的后盾嗎？

　　張曙光的郵件還提供了一篇文章Trettel et al (2003) JBC 278:40980-40988.。這篇文章明確說縮短的受體沒有信號傳遞功能。我也不知道張曙光老師是幫您和裴鋼，還是張老師可憐我看文獻太少而幫我。

　　文獻支持您的結(jié)果嗎？

　　您辛辛苦苦從上萬篇文章中找到所謂重復(fù)了您結(jié)果的區(qū)區(qū)12篇文章。

　　而其中沒有一篇是研究與您一樣的CCR5和CXCR4的缺乏72個氨基酸殘基的五重跨膜蛋白。所以，完全闕如嚴格的重復(fù)實驗。

　　最奇怪的是裴鋼實驗室自己就沒有繼續(xù)擴大戰(zhàn)果，在做出先驅(qū)的、舉世震驚的突破后，沒有再接再厲，研究與眾不同的信號傳遞機制，而從此退出。如果不是自己不信，是什么？

　　迄今最接近凌堃-裴鋼的實驗，是2020年12月張曙光實驗室發(fā)表的，但其質(zhì)量很差，其鈣濃度的結(jié)果，裴鋼實驗室、您實驗室，或問問美國做GPCR的實驗室，會不會啞然失笑？而且張曙光的文章還有與您結(jié)果相矛盾的，iScience的文章作為令箭而誤傷友軍，這種中老年科學家高級黑年輕科學家的做法，恐怕不是很合適。下次，您和裴鋼搬救星的時候，應(yīng)該有所選擇，這樣大家都可以免于當眾臉紅，或者出虛汗。

　　那12篇文章可以分為三類：2篇仍然支持“凌堃-裴鋼的結(jié)果不能重復(fù)”，其中有文章與凌堃-裴鋼結(jié)果矛盾（附件3含與您矛盾的圖片）；6篇支持“凌堃-裴鋼的結(jié)果沒有被重復(fù)”，4篇支持“需要通過實驗進一步檢驗凌堃-裴鋼的結(jié)果能否被重復(fù)”（分析見附件3）。

　　 您和裴鋼如果不服氣，可以給那12篇論文的通訊作者寫信，問他們：“你們是否重復(fù)凌堃-裴鋼實驗并驗證了其結(jié)果？”（英文是：Have you ever replicated the results of Ling et al. 1999 PNAS exactly?）。不能排除12個人都說NO的可能性。不信，你們試試看。

　　我好意回報一句正面的勉勵：只有更愛真理才能顯示吾愛吾師，要不然，出現(xiàn)謬誤把老師拖進去了，不妥當。

　　饒毅

　　附件1 與上海生化細胞所調(diào)查委員會的郵件

　　發(fā)件人: Transmissome < >

　　日期: Saturday, December 14, 2019 at 4:40 PM

　　至: W, C, Z, Z,L

　　抄送: ABCDEFG

　　主題: 裴鋼研究組1999年P(guān)NAS論文調(diào)查委員會會議調(diào)查意見

　　W、L、C、Z、Z諸教授，

　　 （并B教授、C教授）

　　 因為12月12日看到所謂由“W、L、C、Z、Z”諸位簽署的“裴鋼研究組1999年P(guān)NAS論文調(diào)查委員會會議調(diào)查意見”（一下簡稱“調(diào)查意見”），特奉上我和Z教授的通訊，并加以評論。

　　回顧時間

　　 2019年11月28日（周四）傍晚，我的草稿給了腦計劃專家組，包括不應(yīng)該在腦計劃專家組的外行裴鋼本人。

　　 11月29號（周五）有微信爆料。W、L、C、Z于29日收到通知，稱應(yīng)裴鋼要求，生化細胞所（“分子細胞科學卓越創(chuàng)新中心”）邀請參加“裴鋼研究組1999年P(guān)NAS論文調(diào)查委員會”。

　　 兩天之后的12月1日（星期天），就立即出了調(diào)查意見。這不僅是中國對于學術(shù)不端時間最快的調(diào)查，也是世界對學術(shù)不端調(diào)查速度的空前絕后的第一。

　　 真乃兵貴神速。

　　 12月2日，星期一《中國科學報》發(fā)表裴鋼專訪“裴鋼院士專訪：困于’眾所周知’，何談’科技創(chuàng)新’”。

　　 12月13日，新聞報道“中科院：初步核實未發(fā)現(xiàn)裴鋼院士論文造假證據(jù)”，稱“從中國科學院分子細胞卓越創(chuàng)新中心獲悉…該中心已請外部專家進行初步核查，沒有發(fā)現(xiàn)該論文造假的證據(jù)”。

　　調(diào)查不公

　　 11月30日，Z短信聯(lián)系我，12月1日電子郵件建立聯(lián)系。12月1日上午8點16分，我第一次回復(fù)Z。從那時到12月3日，我有多次回復(fù)。為了保證信息的暢通和記錄，這些通訊也抄送C老師。但是，Z教授把我的回復(fù)轉(zhuǎn)給調(diào)查委員會的W、L、C、Z等了嗎？

　　 委員會其他成員給我提了任何問題嗎？顯然沒有。

　　 也就是說，“分子細胞科學卓越創(chuàng)新中心”的調(diào)查，正如我所擔心的，并非公正的調(diào)查：匆匆忙忙，不問我，聯(lián)系我也是虛偽的，并沒有把我提供的信息給委員會。

　　 而裴鋼匆匆忙忙需要這一委員會，是他策劃利用委員會，星期天（12月1號）就拿到他所需要的調(diào)查意見，12月2號（周一）就對記者專訪，12月13號對外發(fā)布。

　　 這提示裴鋼不是為了公正，而是希望利用專家意見，然后鬧事。

　　國際常規(guī)

　　 裴鋼這樣做，是他堅持違反國際常規(guī)，同時坑害生化細胞所。他不過是要造成專家說他沒有造假，那么我說他造假就可以被他起訴的可笑邏輯。

　　 最近的國際著名事件，是2012年日本的小保方晴子發(fā)表的Nature文章后不久，美國UC Davis的Paul Knoepfler在博客上公開質(zhì)疑其真實性。日本因而啟動調(diào)查，發(fā)現(xiàn)是造假。在整個過程中，并未要求Knoepfler提供證據(jù)，而是經(jīng)過嚴格的調(diào)查，發(fā)現(xiàn)造假。

　　 為什么提出裴鋼1999的PNAS文章是造假

　　 提出裴鋼文章是造假的原因有多個，其中有些給Z暗示了。當然，正如所預(yù)料的，他并不敢給委員會。原本就有利益沖突的委員會，在所謂調(diào)查過程中，也被隱瞞基本信息。

　　 GPCR需要七重跨膜，才能有信號轉(zhuǎn)導的功能，不僅是眾所周知，而且是被很多實驗室多次驗證。

　　 在有上萬篇文章的GPCR領(lǐng)域，當然會出現(xiàn)各種錯誤，但是錯誤率并不高，號稱GPCR不需要7重跨膜的文章，一共不到十篇，而且它們有共同特征：

　　 凡是有這種文章的，都是來自同一個實驗室，也就是說A實驗室號稱某個（如X）GPCR不要7重跨膜區(qū)，那么沒有第二個實驗室重復(fù)這一結(jié)果（X GPCR不用7重跨膜就能夠起功能），而B實驗室可能號稱Y GPCR可以不用七重跨膜。并沒有出現(xiàn)兩個實驗室相互驗證的情況。而是兩個實驗室都出現(xiàn)毛病。

　　 這些文章的第二個特征是，其實同一個實驗室一般也不能重復(fù)這種結(jié)果，所以一般來說都沒有下文。

　　 貴調(diào)查委員會讀裴鋼提供的附件三、綜述目錄的時候，顯然一天的時間太短，來不及總結(jié)出以上兩個簡單特征。

　　 一個有上萬論文的領(lǐng)域，可以說什么鳥都有。諸位需要足夠的時間閱讀和思考。貴委員會讀的附件三，也是裴鋼障眼法，那篇文章不是2012年發(fā)表的，而是2015年發(fā)表的，貴委員會的調(diào)查報告急急忙忙把年代都寫錯了（還是裴鋼寫錯了，諸位沒有時間糾正），那篇結(jié)構(gòu)生物學的文章根本不能說功能不需要第一和第二跨膜區(qū)，只能說結(jié)構(gòu)上，兩個跨膜區(qū)在哪里，結(jié)構(gòu)生物學不是功能檢測、不能代替功能檢測。所以，你們“認為該論文‘只有造假才能產(chǎn)生’的言論過于武斷不符合科學事實”這一句話才是武斷。

　　 其實，你們有幾位不熟悉GPCR，而懂的一位L博士，害怕裴鋼。如果L博士到國際上去說GPCR可以不用7重跨膜，他自己都會臉紅。不信，我們都寫一封信給GPCR的兩位諾獎，裴鋼的老師Robert Leftkowitz、師兄Brian Kobilka，問問他們能否斷言GPCR需要7重跨膜，不能5重跨膜？

　　 中國這一爭論，最大的危害是讓國內(nèi)生物學的學生，從此獨樹一幟，認為GPCR可以不用7重跨膜。這不僅是全世界（包括中文）教科書的內(nèi)容，它是全世界真科學家研究的結(jié)論，包括這一領(lǐng)域的L博士和他的合作者Ray Stevens。我們中國不能從此成為世界的笑料。

　　 裴鋼實驗室1999年論文是號稱CCR5和CXCR4兩個GPCRs可以不要7重跨膜，而只要5重跨膜。20年來，全世界沒有一個實驗室重復(fù)了這一結(jié)果。這一事實包含裴鋼實驗室自己也沒有第二個學生重復(fù)了這一結(jié)果。如果不要7重跨膜，當然是非常重要的發(fā)現(xiàn)，這么重要的發(fā)現(xiàn)，裴鋼從1999年之后就完全不繼續(xù)？當然不是，而是其他學生不能重復(fù)。裴鋼實驗室的GPCR研究可沒有停止在1999年，還做了多年。

　　 事實上，我實驗室早就用過裴鋼實驗室的試劑，但不能重復(fù)這一結(jié)果，而且我早就告訴裴鋼本人了。就在裴鋼這樣公開鬧的情況下，我都沒有把這一事實說出來，給他留有余地，讓他思過改正。我實驗室在十幾年前就發(fā)表過三篇涉及GPCR的文章，雖然不是信號轉(zhuǎn)導，但我那時就熟悉這一領(lǐng)域。今天我實驗室大量研究GPCR，這一問題就更熟悉，所以我也比較在意中國迄今沒有處理這一謬誤。

　　 我還有其他理由，但貴委員會已經(jīng)證明自己是不可靠、不公平的委員會，為了避免讓裴鋼更加充分的進行各種活動，其他的理由我現(xiàn)在就暫且不說了。

　　驗證實驗

　　 在科學上，事實勝于雄辯。

　　 GPCR激活后引起鈣內(nèi)流增加，是很容易做的實驗。

　　 CCR5和CXCR4，也是很容易得到的。L博士就幫助Ray Stevens用中國納稅人的錢，重新化學合成過全部GPCR（包括已經(jīng)研究過不再需要做結(jié)構(gòu)的GPCR），曾經(jīng)被我電子郵件嚴厲批評?，F(xiàn)在這兩個GPCRs可以派用場了，中國人的錢可以少浪費兩個。

　　 可以請第三方重復(fù)裴鋼1999年P(guān)NAS文章的圖3、4、5。讓真相大白。

　　饒毅

　　2019年12月14日

　　此信抄送：

　　 中國科學院生物醫(yī)學部：A、B、C、D、E、F、G、H。

　　附件2 凌堃來信照登

　　發(fā)件人: "Ling, Kun, Ph.D."

　　日期: Sunday, January 24, 2021 at 3:15 AM

　　至: Transmissome

　　抄送: wangp, 趙, Gang Pei

　　主題: 給饒毅教授的回復(fù)

　　尊敬的饒毅教授：您好！

　　感謝您一直以來對我們早年發(fā)表在PNAS的工作的持續(xù)關(guān)注。出于對您多次指控的重視，科技部、中國科學院、中科院上海生化細胞所先后組織了獨立的專家組和工作組對此進行了嚴肅的審查，包括調(diào)閱當年的原始實驗記錄、審查第三方實驗室重復(fù)的實驗結(jié)果等等，我們也按照專家們的要求提供了所有支持材料。科技部公布的最后結(jié)論也正是基于這些嚴謹獨立的專家組對所有數(shù)據(jù)的認可。這些審查已經(jīng)占用了這些科學家大量的時間和精力。

　　對于您的困擾和疑問，我們建議：

　　1. 您多次提到您的團隊無法重復(fù)出類似的結(jié)果，請您安排做這項實驗的學生和/或技術(shù)員提供具體的實驗操作流程記錄及相關(guān)結(jié)果，我們可以幫助具體分析一下，一起來尋找導致實驗失敗的原因。

　　2. 您還提到您了解到還有幾個研究組也在研究中遇到問題，請您提供他們的名單和聯(lián)系方式，我們也會和他們進行直接的討論。

　　此外，還有兩個請求：

　　1.相信您和我們一樣，希望中國的科研管理體制越來越完善?？萍疾繉＜医M、中科院專家組、以及中科院生化細胞所的工作組都曾經(jīng)不止一次地聯(lián)系過您，懇請您對專家組和工作組的工作予以積極配合，提供佐證您質(zhì)疑該項研究的具體支持材料。

　　2. 由于我們一直專注科研工作，對自媒體運營毫無經(jīng)驗，沒有精力和時間經(jīng)營并擁有像您的“知識分子”、“饒議科學”這樣有影響力的發(fā)聲平臺。因此希望能夠借助您的這些自媒體平臺，將此信原文公之于眾。同時我們也會在知乎上傳此信原文，供關(guān)心此事的大眾參考。

　　再次感謝您對我們工作的關(guān)注！

　　凌堃、王平、趙簡

　　發(fā)件人: "Ling, Kun, Ph.D."

　　日期: Sunday, January 24, 2021 at 8:48 AM

　　至: Transmissome

　　抄送: oy,mzzhai,yanghuanming,qiang.boqin, Bai Chunli, jh-cao, wangp, zhaojian,gang pei

　　主題: 補充：給饒毅教授的回復(fù)

　　尊敬的饒教授，

　　為方便查閱和討論，現(xiàn)將我們提供給專家組的含有第三方實驗室重復(fù)GPCR截短體仍具有功能實驗結(jié)果的文獻目錄附上（見下），也請您盡快提供給我們您了解到的質(zhì)疑我們這篇論文的含有第三方實驗室重復(fù)實驗結(jié)果的文獻。

　　再次感謝您的關(guān)注！

　　凌堃、王平、趙簡

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　　9. Durán-Prado M, Gahete MD, Martínez-Fuentes AJ, Luque RM, Quintero A, Webb SM, Benito-López P, Leal A, Schulz S, Gracia-Navarro F, Malagón MM, Casta?o JP. Identification and characterization of two novel truncated but functional isoforms of the somatostatin receptor subtype 5 differentially present in pituitary tumors. J. Clin. Endocrinol Metab. 2009； 94(7):2634-43.

　　10. Córdoba-Chacón J, Gahete MD, Duran-Prado M, Pozo-Salas AI, Malagón MM, Gracia-Navarro F, Kineman RD, Luque RM, Casta?o JP. Identification and characterization of new functional truncated variants of somatostatin receptor subtype 5 in rodents. Cell Mol. Life Sci. 2010； 67(7):1147-63.

　　11. Navarro G, Aguinaga D, Angelats E, Medrano M, Moreno E, Mallol J, Cortés A, Canela EI, Casadó V, McCormick PJ, Lluís C, Ferré S. A Significant Role of the Truncated Ghrelin Receptor GHS-R1b in Ghrelin-induced Signaling in Neurons. J Biol Chem. 2016； 291(25): 13048–13062.

　　12. Lattanzia R, Mafteib D, Fulloneb MR, Miele R. Identification and characterization of Prokineticin receptor 2 splicing variant and its modulation in an animal model of Alzheimer's disease. Neuropeptides 2019； 73: 49–56.

　　附件3 分析凌堃寄來的12篇文章

　　凌堃對這些文章的解釋，雖然沒有直接給我，但有人在科學網(wǎng)幫助您發(fā)了，而且發(fā)在張曙光一道，說明您和張曙光有某種協(xié)調(diào)。（http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/1/452248.shtm）

　　1. Chelli M and Alizon M. Determinants of the trans-dominant Negative Effect of Truncated Forms of the CCR5 Chemokine Receptor. J. Biol. Chem. 2002； 276(50):46975-82.

　　凌堃的說明：“在研究中，Chelli和 Alizon人為設(shè)計制作了多種不同跨膜區(qū)缺失的CCR5變體，其中有一些仍然表達在細胞膜上并行使功能。這一工作的結(jié)果表明，第1、第2跨膜區(qū)不是CCR5行使功能所必需的?！?/p>

　　事實是：Chelli和Alizon發(fā)現(xiàn)CCR5受體缺乏跨膜區(qū)后，都不能有信號傳遞功能，相反，有一些縮短的受體不僅不能傳遞信號，反而抑制全長的正常受體傳遞信號。這篇文章只能用于支持“凌堃-裴鋼的結(jié)果不能重復(fù)”。

　　2. Roland J， Murphy BJ, Robert-Hebmann V, Delauzun V, Nye KE, Devaux C, Biard-Piechaczyk M. Role of the intracellular domains of CXCR4 in SDF-1-mediated signaling. Blood 2003； 101:399-406.

　　凌堃的說明：“Biard-Piechaczy課題組研究了人為設(shè)計制作的不同胞內(nèi)環(huán)缺失的CXCR4截短變體，其結(jié)果表明第一胞內(nèi)環(huán)不是CXCR4被配體激活所必需的，這一點與我們的結(jié)果一致?！?/p>

　　事實是：Biard-Piechaczy課題組沒有發(fā)現(xiàn)CCR5受體在缺乏跨膜區(qū)后，可以有信號傳遞功能。您受批評的關(guān)鍵是缺乏兩個跨膜區(qū)，而不僅僅是缺乏一個胞內(nèi)段。這篇文章只能用于支持“凌堃-裴鋼的結(jié)果沒有被重復(fù)”。

　　3. Hamatake M, Aoki T, Futahashi Y, Urano E, Yamamoto N, Komano J. Ligand-independent higher-order multimerization of CXCR4, a G-protein-coupled chemokine receptor involved in targeted metastasis. Cancer Sci.2009； 100(1):95-102.

　　凌堃的說明：“由于能夠形成二聚體或多聚體，缺失不同跨膜區(qū)的多種5次跨膜或3次跨膜的CXCR4變體能夠在細胞膜表面正常表達?！?/p>

　　事實是：能夠在細胞膜表達，不等于有信號傳遞功能。其實他們測都沒有測信號傳遞功能，估計他們也與正?？茖W家一樣不相信缺乏跨膜區(qū)會有信號傳遞功能，所以沒有檢測。這篇文章只能用于支持“凌堃-裴鋼的結(jié)果沒有被重復(fù)”。

　　4. Theodore WK and Donald ME. Bacteriorhodopsin Can Be Refolded from Two Independently Stable Transmembrane Helices and the Complementary Five-Helix Fragment. Biochemistry. 1992； 31:6144-51.

　　凌堃的說明：“G蛋白偶聯(lián)受體bacteriorhodopsin存在缺失第1和第2跨膜區(qū)的5次跨膜天然變體，這個5跨膜變體在體外系統(tǒng)中也可以表達在細胞膜上?！?/p>

　　事實是：（這篇文章應(yīng)該是Kahn and Engelman。不應(yīng)該用Theodore and Donald）文章發(fā)現(xiàn)五重跨膜蛋白可以出現(xiàn)在細菌細胞膜表面，沒有顯示有傳遞信號的功能。您受批評的是缺乏兩個跨膜區(qū)還能傳遞信號。這篇文章只能用于支持“凌堃-裴鋼的結(jié)果沒有被重復(fù)”。

　　5. Belenikin MS, Costantino G, Palyulin VA, Pellicciari R, Zefirov NS. Molecular modeling of the mGluR1 metabotropic glutamate receptor transmembrane domain and construction of the model of its dimer. Dokl. Biochem. Biophys. 2003； 393:341-5.

　　凌堃的說明：“G蛋白偶聯(lián)受體mGluR1需要形成二聚體來激活G蛋白信號通路。有趣的是，這個研究表明，缺失第1和第2. 跨膜區(qū)不影響這種二聚體的形成?！?/p>

　　事實是：這是一篇做模型的文章，用它就好像“黔驢技窮”了。它完全沒說缺乏跨膜區(qū)可以有信號傳遞功能。其實，可以形成二聚體的可能是抑制信號傳遞。您受批評的關(guān)鍵是缺乏兩個跨膜區(qū)而有信號傳遞功能。這這篇文章只能用于支持“凌堃-裴鋼的結(jié)果沒有被重復(fù)”。

　　6. Neill JD, Musgrove LC, Duck LW. Newly recognized GnRH receptors: function and relative role. Trends Endocrinol Metab. 2004；15(8):383-92.

　　凌堃的說明：“編碼GnRH-II受體的基因除表達野生型7次跨膜受體外，也可以產(chǎn)生5次跨膜的天然截短變體。這一5跨膜GnRH-II受體缺失第1和第2跨膜區(qū)，但仍能響應(yīng)配體的特異性刺激，發(fā)揮受體功能?！?/p>

　　事實是：這是一篇綜述，不是原始研究論文。它發(fā)現(xiàn)有編碼五重跨膜的基因，但完全沒有驗證這種基因編碼的蛋白質(zhì)有傳遞信號的功能。它提醒大家凌堃-裴鋼的論文說五重跨膜有功能。（Although the functions of human and pig 5TM receptors have not been tested, it should be noted that a 5TM chemokine receptor is functional [14]，引文14就是凌堃-裴鋼的1999年文章）。因為這篇文章也發(fā)表17年了，有關(guān)研究人員如果驗證了五重跨膜的傳遞信號功能，應(yīng)該會發(fā)表。既然沒有這一后續(xù)文章發(fā)表，說明這篇文章更可以用于支持“凌堃-裴鋼的結(jié)果沒有被重復(fù)”。

　　7. Perron A, Sarret P, Gendron L, Stroh T, Beaudet A. Identification and functional characterization of a 5-transmembrane domain variant isoform of the NTS2 neurotensin receptor in rat central nervous system. J. Biol. Chem. 2005； 280(11):10219-27.

　　凌堃的說明：“二型神經(jīng)降壓素NTS2 受體是一種G蛋白偶聯(lián)受體，其編碼基因能夠產(chǎn)生5次跨膜的天然變體。該變體顯示與野生型NTS2受體一樣的組織/器官表達譜，并通過形成同源或異源二聚體和多聚體完成受體功能”

　　事實是：這篇文章研究的是另外一個GPCR的五重跨膜變體（vNTS2）。文章顯示，它上細胞膜是正常全長受體的5千分之一。檢驗了它一個信號傳遞功能（MAPK的激活），確實見到弱的活性。但是，它與您文章不同，用的不是同一個受體，而且您發(fā)表的是五重跨膜與正常幾乎一模一樣，而不是大大降低。另外，vNTS2的這一功能，以后該實驗室自己都沒有繼續(xù)后續(xù)工作，因此其意義和可重復(fù)性皆有待考量。這篇文章可以用于支持“凌堃-裴鋼的結(jié)果需要重復(fù)才知道是否確切”。

　　8. Bokaei PB, Ma XZ, Byczynski B, Keller J, Sakac D, Fahim S, Branch DR. Identification and characterization of five-transmembrane isoforms of human vasoactive intestinal peptide and pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide receptors. Genomics 2006； 88:791-800.

　　凌堃的說明：“神經(jīng)內(nèi)分泌受體VPAC1和VPAC2是G蛋白偶聯(lián)受體，其編碼基因能夠產(chǎn)生缺失第6第7跨膜區(qū)的5次跨膜天然變體。該變體顯示與野生型受體不同的細胞/組織表達譜，仍能結(jié)合配體并行使部分受體功能?！?/p>

　　事實是：這篇文章發(fā)現(xiàn)缺乏第6和第7次跨膜區(qū)后，VPAC五重跨膜受體完全缺乏介導cAMP的信號傳遞功能，但有對于某些蛋白質(zhì)磷酸化的功能。它與您的受體不同，而更加相反的是，它完全看不見cAMP升高（其圖6A），而您被批評的文章顯示五重跨膜受體介導的cAMP反應(yīng)與正常全長受體一樣強（您的圖5 A、B、C、D）。這篇文章可以用于支持“凌堃-裴鋼的結(jié)果沒有被重復(fù)，其中有明顯與之矛盾的結(jié)果（圖A對圖5”。

　　以上為Bokaei 等，圖6A

　　以上為凌等，圖5，注意凌堃-裴鋼不可能是偶爾一次，而是四個實驗一再顯示cAMP增加在五重跨膜和七重跨膜是一模一樣。

　　9. Durán-Prado M, Gahete MD, Martínez-Fuentes AJ, Luque RM, Quintero A, Webb SM, Benito-López P, Leal A, Schulz S, Gracia-Navarro F, Malagón MM, Casta?o JP. Identification and characterization of two novel truncated but functional isoforms of the somatostatin receptor subtype 5 differentially present in pituitary tumors. J. Clin. Endocrinol Metab. 2009； 94(7):2634-43.

　　凌堃的說明：“人類生長抑素SST5受體是一種G蛋白偶聯(lián)受體。這個研究發(fā)現(xiàn)，SST5受體基因可以產(chǎn)生只有5個跨膜區(qū)的仍然具備功能的天然變體?！?/p>

　　事實是：這篇用鈣濃度檢測的文章，確實發(fā)現(xiàn)SST5的短受體有介導提高鈣濃度的功能。但是，它用的是SST5，不是您用的CCR5、CXCR4，而且，它在發(fā)現(xiàn)缺乏關(guān)鍵對照：沒有轉(zhuǎn)染SST5或其縮短受體的細胞，對配體有沒有反應(yīng)。所以，一方面它似乎確實顯示不用七重跨膜有可能有信號傳遞功能，另外一方面，它缺乏關(guān)鍵對照。

　　因為它用的受體也與您的受體不同，這篇文章可以用于支持“應(yīng)該通過實驗驗證凌堃-裴鋼的結(jié)果能否被重復(fù)”。

　　10. Córdoba-Chacón J, Gahete MD, Duran-Prado M, Pozo-Salas AI, Malagón MM, Gracia-Navarro F, Kineman RD, Luque RM, Casta?o JP. Identification and characterization of new functional truncated variants of somatostatin receptor subtype 5 in rodents. Cell Mol. Life Sci. 2010； 67(7):1147-63.

　　凌堃的說明：“Casta?o研究組的后續(xù)研究發(fā)現(xiàn)，SST5受體基因還能夠產(chǎn)生只有4，2，或1個跨膜區(qū)的天然截短變體。對照7次跨膜的野生型受體，這些跨膜區(qū)缺失的變體表現(xiàn)出相似的表達水平和功能?！?/p>

　　事實是：這篇文章確實發(fā)表SST5的縮短突變。號稱4重、2重、一次跨膜都能夠介導引起鈣濃度升高。但是，這樣文章與“凌堃-裴鋼”一樣，缺乏對照，沒有做在沒有轉(zhuǎn)染受體的細胞內(nèi)，是否因為有內(nèi)源性受體，已經(jīng)能夠?qū)ε潴w有反應(yīng)。

　　這篇西班牙科學家發(fā)表的文章的數(shù)據(jù)如果是真實可信的，那么就是GPCR領(lǐng)域巨大的突破，只需要一次跨膜就可以了，不用七重跨膜。但是，它在PubMed只被引用25次，其中包括被同一實驗室引用兩次。Google Scholar引用68次。十一年來，全世界沒有一個實驗室獨立于該實驗室發(fā)表重復(fù)其介導信號傳遞結(jié)果的文章。通常的邏輯告訴人們，這個實驗室的兩篇文章（文獻9和這篇文獻10）應(yīng)該都屬于領(lǐng)域內(nèi)部被廣泛接受的文章（客氣一點說）。如果廣為接受，那么其他人就應(yīng)該可以重復(fù)，教科書就應(yīng)該改寫，不用等十一年。最大的可能，這兩篇文章不被公認是因為也不被相信。

　　這篇文章可以用于支持“應(yīng)該通過實驗看看凌堃-裴鋼的結(jié)果能否被重復(fù)”。

　　11. Navarro G, Aguinaga D, Angelats E, Medrano M, Moreno E, Mallol J, Cortés A, Canela EI, Casadó V, McCormick PJ, Lluís C, Ferré S. A Significant Role of the Truncated Ghrelin Receptor GHS-R1b in Ghrelin-induced Signaling in Neurons. J Biol Chem. 2016； 291(25): 13048–13062.

　　凌堃的說明：“人野生型GHS受體基因除了產(chǎn)生7次跨膜的GPCR外，還能夠產(chǎn)生5次跨膜截短受體。這個五次跨膜的GHS受體可以與神經(jīng)降壓素NTS1受體形成異源受體二聚物，產(chǎn)生新的生理作用，這一發(fā)現(xiàn)可能為抑制非小細胞肺癌細胞生長，提供了全新的藥物靶標?！?/p>

　　事實是：這篇研究GHS受體，五重跨膜的R1b受體單獨是沒有介導信號作用的。其圖3完全否定五重跨膜的受體單獨傳遞信號功能。而您的文章是五重跨膜的可以單獨起信號傳遞功能。它與您矛盾。這篇文章可以用于支持“凌堃-裴鋼的結(jié)果沒有被重復(fù)”。

　　12. Lattanzia R, Mafteib D, Fulloneb MR, Miele R. Identification and characterization of Prokineticin receptor 2 splicing variant and its modulation in an animal model of Alzheimer's disease. Neuropeptides 2019； 73: 49–56.

　　凌堃的說明：“Prokineticin receptor 2（PKR2）是一種GPCR，通過Gq、Gi、和Gs分別調(diào)控胞內(nèi)鈣轉(zhuǎn)運、STAT3激活、和cAMP合成。研究發(fā)現(xiàn)PKR2基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物存在天然剪切變體，產(chǎn)生一個缺失第1-3跨膜區(qū)的截短變體。這個變體仍然能在細胞膜上表達，并保留了結(jié)合配體并激活Gq和Gs的功能?！?。

　　事實是：這篇意大利科學家發(fā)表的文章，在酵母中研究老鼠的PKR2。它發(fā)現(xiàn)四重跨膜可以介導beta-gal酶活性的增加。它與您不同的受體，沒有檢測您檢測的鈣或cAMP。它也沒有用哺乳動物的細胞。文章發(fā)表后，尚無實驗室驗證其結(jié)果。但是這篇文章只有兩年，目前不知道是否有人重視其中一個結(jié)果。這篇文章可以用于支持“凌堃-裴鋼的結(jié)果需要實驗進一步驗證”。